در پاییز سال ۱۳۹۱، مشکلات مالی باشگاه استقلال به اوج خود رسید. در آن دوره، منصور پورحیدری که به عنوان مشاور فنی در این تیم فعالیت می‌کرد، در مصاحبه‌ای اعلام کرد که اگر وضعیت مالی باشگاه بهبود نیابد، امیر قلعه‌نویی از سمت سرمربیگری کناره‌گیری خواهد کرد. این اظهارات واکنش‌های بسیاری را به همراه داشت و امیر قلعه‌نویی نیز آن را تکذیب نکرد.
سرمربی وقت استقلال در تاریخ ۲۲ مهر ۱۳۹۱، در گفت‌وگویی به این حواشی پرداخت. او در مورد استعفای خود اظهار داشت: «اجازه بدهید در مورد ماجرای استعفای من، آقای فتح‌الله‌زاده به عنوان مدیرعامل باشگاه صحبت کند اما واقعیت این است که خودم یک حرف‌هایی با ایشان زده‌ام.»
قلعه‌نویی با اشاره به مشکلات مالی تیم گفت: «از اواخر بهار سال ۹۱ دوباره سرمربی استقلال شده‌ام ولی طی این مدت بابت لیگ دوازدهم هیچ پولی به بچه‌ها پرداخت نشده است. با بی‌پولی نتیجه می‌گیریم اما بعضی از هواداران استقلال بی‌مهری می‌کنند.» او همچنین افزود: «آستانه تحمل من هم اندازه‌ای دارد و با چنین حجم از مشکلات، بالاخره آدم یک جا آب و روغن قاطی می‌کند.»
وی در ادامه از عملکرد محمد عباسی، وزیر وقت ورزش، انتقاد کرد و گفت: «واقعا متعجبم آقای عباسی چرا نسبت به این موضوع بی‌تفاوت است! استقلال و پرسپولیس جزو سرمایه‌های مملکت محسوب می‌شوند.» قلعه‌نویی همچنین به یک پیشنهاد مالی بزرگ اشاره کرد که به خاطر استقلال آن را نپذیرفته بود و بیان کرد: «من از بزرگترین قرارداد فوتبال ایران گذشتم ولی نباید آن پیشنهاد را رد می‌کردم.» او در پایان تاکید کرد: «امیر قلعه‌نویی بچه نازی‌آباد است و خسته نمی‌شود ولی متاسفانه روی سکوها کم‌لطفی می‌کنند.»
